खारे पानी के मगरमच्छ की थूथन, मगर कहलाने वाले मगरमच्छ से अधिक लम्बी होती है: आधार पर इसकी लम्बाई चौड़ाई से दोगुनी होती है।[1] अन्य प्रकार के मगरमच्छों की तुलना में, खारे पानी के मगरमच्छ की गर्दन पर कवच प्लेटों की संख्या कम होती है और अधिकांश अन्य पतले शरीर के मगरमच्छों की तुलना में इसके शरीर का चौड़ा होना, इस असत्यापित मान्यता को जन्म देता है की सरीसृप एक एलीगेटर (घड़ियाल) था।[2]
जूलॉजी के संग्रहालय, सेंट पीटर्सबर्ग से खारे पानी के मगरमच्छ की खोपड़ी
एक वयस्क नर खारे पानी के मगरमच्छ का भार 600 से 1,000 किलोग्राम (1,300–2,200 पौंड) और लम्बाई सामान्यतया 4.1 से 5.5 मीटर (13–18 फीट) होती है। हालांकि परिपक्व नर की लम्बाई 6 मीटर (20 फीट) या अधिक और भार 1,300 किलोग्राम (2,900 पौंड) या अधिक भी हो सकता है।[3][4][5] किसी अन्य आधुनिक मगरमच्छ प्रजाति की तुलना में, इस प्रजाति में लैंगिक द्विरुपता सबसे अधिक देखने को मिलती है, इनमें मादा नर की तुलना में काफी छोटे आकार की होती है। एक प्रारूपिक मादा के शरीर के लम्बाई 2.1 से 3.5 मीटर (7–11 फीट) की रेंज में होती है।[2][3][6] अब तक दर्ज की गयी सबसे बड़े आकार की मादा की लम्बाई लगभग 4.2 मीटर (14 फीट) नापी गयी है।[5] पूरी प्रजाति का औसत भार मोटे तौर पर 450 किलोग्राम (1,000 पौंड) है।[7]
खारे पानी के मगरमच्छ का सबसे बड़ा आकार काफी विवाद का विषय है। अब तक थूथन से लेकर पूंछ तक मापी गयी सबसे लम्बे मगरमच्छ की लम्बाई 6.1 मीटर (20 फीट) थी, जो वास्तव में एक मृत मगरमच्छ की त्वचा थी।
चूंकि मृत त्वचा की परत के हटाये जाने के बाद (carcass) त्वचा थोड़ी सी सिकुड़ जाती है, इसलिए जीवित अवस्था में इस मगरमच्छ की अनुमानित लम्बाई 6.3 मीटर (21 फीट) रही होगी और संभवतया इसका वजन 1,200 किलोग्राम (2,600 पौंड) से अधिक रहा होगा। [8] ऐसा दावा किया गया है कि अधूरे अवशेष (उड़ीसा में शूट किये गए एक मगरमच्छ की खोपड़ी[9]) एक 7.6-मीटर (25 फीट) मगरमच्छ के हैं, परन्तु विशेषज्ञों के द्वारा किये गए परीक्षण बताते हैं कि इसकी लम्बाई 7 मीटर (23 फीट) से अधिक नहीं होगी। [8] 9-मीटर (30 फीट) की रेंज में मगरमच्छों के असंख्य दावे किये गए हैं: बंगाल की खाड़ी में 1940 में शूट किये गए एक मगरमच्छ को 10 मीटर (33 फीट) पर दर्ज किया गया; एक और मगरमच्छ को 1823 में फिलिपिन्स में ल्युज़ोन के प्रमुख द्वीप पर जलजला में मारा गया, इसे 8.2 मीटर (27 फीट) पर दर्ज किया गया; 7.6 मीटर (25 फीट) पर दर्ज किये गए एक मगरमच्छ को कलकत्ता के अलीपुर जिले में हुगली नदी में मारा गया। हालांकि, इन जानवरों की खोपड़ियों के परीक्षण वास्तव में इंगित करते हैं कि ये जानवर 6 से 6.6 मीटर (20–22 फीट) की रेंज से थे।
